Struktura Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji to następujące komórki organizacyjne:
Prezes AOTMiT – Roman Topór-Mądry
Biuro Kadr
Dyrektor – Krzysztof Bąk
Biuro Księgowości
Dyrektor – Bartłomiej Tyszka
- Dział Planowania, Analiz i Sprawozdawczości
- Dział Rachunkowości
Biuro Prawne
Dyrektor – Ewa Warmińska-Friberg
Biuro Prezesa
Dyrektor – Kamila Malinowska
- Dział Analiz i Funduszu Medycznego
- Dział Projektów i Komunikacji
- Dział Obsługi Rad
- Dział Administracyjno-Organizacyjny
- Dział Zamówień Publicznych
Samodzielne Stanowisko Pracy do spraw Audytu Wewnętrznego
Samodzielne Stanowisko Pracy Rzecznika Prasowego
Wydział Informatyki
Dyrektor – Łukasz Bieńkowski
- Zespół Zamiejscowy do spraw programistyczno-statystycznych w Krakowie
Wydział Oceny Technologii Medycznych
Dyrektor – Joanna Parkitna
- Dział Refundacji
- Dział Programów Lekowych
- Dział Chemioterapii
- Dział Programów Polityki Zdrowotnej
- Dział Metodologii i Ewaluacji
- Dział Analiz Strategicznych
- Zespół Zamiejscowy do spraw analitycznych w Szczecinie
Wydział Świadczeń Opieki Zdrowotnej
Dyrektor – Dominik Dziurda
- Dział Analiz Świadczeń Opieki Zdrowotnej
- Dział Standaryzacji Świadczeń Opieki Zdrowotnej
- Dział Wytycznych
- Dział Metodyki Oceny Świadczeń
- Dział Projektów Strategicznych
- Dział Rozwoju Analiz Finansowych i Kosztowych
- Zespół Zamiejscowy do spraw analitycznych i metodyki oceny świadczeń w Krakowie
- Zespół Zamiejscowy do spraw analitycznych we Wrocławiu
- Zespół Zamiejscowy do spraw analitycznych w Chełmie – w trakcie tworzenia
Wydział Taryfikacji
Dyrektor – p.o. Agnieszka Włodarczyk
- Dział Pozyskiwania Danych
- Dział Statystyki i Analiz
- Dział Raportów