W ramach zadań ustawowych Agencja realizuje procesy związane z:
- opiniowaniem zaleceń klinicznych opracowanych przez Towarzystwa Naukowe m.in. w zakresie diagnostyki i leczenia chorób nowotworowych;
- tworzeniem zaleceń odnoszących się do organizacji i postępowania diagnostyczno-terapeutycznego.
Procesy i metody przyjęte przez Agencję, zarówno w zakresie opiniowania wytycznych praktyki klinicznej, jak i ich tworzenia, oparte są o uznaną międzynarodową metodykę oraz standardy i narzędzia.
Mając na celu wspieranie autorów oraz podnoszenie jakości wytycznych opracowywanych w Polsce, Agencja podejmuje także działania związane z rozpowszechnianiem najbardziej uznanych narzędzi, m.in. angażując się w tłumaczenie ich na język polski.