Agencja tworzy rekomendacje określające zalecane technologie medyczne, działania oraz warunki realizacji programów polityki zdrowotnej, dotyczących danej choroby lub danego problemu zdrowotnego. Podstawą prawną realizacji ww. działań jest art. 48aa ustawy o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych (Dz.U. 2020 poz. 1398 z późn. zm.). Zgodnie z zapisami ustawy Agencja może przygotowywać rzeczone rekomendacje z własnej inicjatywy lub też na zlecenie ministra właściwego do spraw zdrowia.
Celem ogólnym rekomendacji jest uproszczenie realizacji PPZ przez Jednostki Samorządu Terytorialnego (JST). Programy Polityki Zdrowotnej, które zostały przygotowane zgodnie z upublicznioną rekomendacją Prezesa, nie wymagają opinii Prezesa Agencji. W tym przypadku JST musi nadesłać do Agencji oświadczenie, w którym stwierdza, że przygotowany projekt PPZ jest zgodny z obowiązującą rekomendacją. Na koniec realizacji PPZ samorząd zobowiązany jest także do przesłania raportu sprawozdawczego z realizacji Programu.
Raport analityczny przygotowywany jest w zgodzie z HTA (ang. health technology assessment) oraz EBM (ang. evidence based medicine) z wykorzystaniem literatury zagranicznej oraz polskiej. Proces twórczy oparty jest o wytyczne oceny technologii medycznej oraz właściwą dla rekomendacji ustawę.