W kwietniu 2020 r. Agencja opublikowała pierwszą wersję Zaleceń w COVID-19, przygotowaną we współpracy z interdyscyplinarnym Zespołem Ekspertów Klinicznych, koordynowanym przez Komitet Sterujący, złożony z Prezydium Rady Przejrzystości Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji (do pobrania w Zalecenia w COVID-19).
Wobec zmieniającej się sytuacji pandemii, ciągłego napływu nowych doniesień naukowych dotyczących metod diagnostycznych, jak również dynamicznego rozwoju technologii medycznych, Agencja przeprowadza proces aktualizacji Zaleceń w obszarze diagnostyki. Jako efekt prac w pierwszej kolejności opracowano zbiór zaktualizowanych zaleceń dotyczących diagnostyki laboratoryjnej SARS-CoV-2, z wykorzystaniem badań materiału genetycznego SARS-CoV-2, badań antygenowych oraz badań serologicznych.