Jednym z zadań ustawowych AOTMiT jest ocena leków. Ma ona na celu zapewnienie decydentom w ochronie zdrowia niezależnej, syntetycznej informacji m.in. o zdrowotnych i ekonomicznych aspektach zastosowania ocenianych technologii medycznych.
Leki oceniane są w Agencji w kilku różnych trybach, które inicjuje Minister Zdrowia, m. in.:
- Wniosek o objęcie refundacją i ustalenie urzędowej ceny zbytu;
- Wniosek o podwyższenie urzędowej ceny zbytu leku;
- Wniosek o obniżenie urzędowej ceny zbytu leku;
- Wniosek o skrócenie czasu obowiązywania decyzji refundacyjnej;
- Ratunkowy Dostęp do Technologii Lekowej;
- Import docelowy;
- Off-label.
Oceny dokonywane są w oparciu o wytyczne oceny technologii medycznych (HTA).