Agencja Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji realizuje – poza zleceniami ustawowymi – również wiele dodatkowych zleceń Ministra Zdrowia o szerokiej tematyce i zakresie – np. zlecenia dotyczące modyfikacji treści programów lekowych czy konsekwencji finansowych wprowadzenia różnych wariantów instrumentów dzielenia ryzyka. AOTMiT przygotowywała również materiały na potrzeby stworzenia wykazu bezpłatnych leków dla seniorów.