W kwietniu 2020 r. Agencja opublikowała pierwszą wersję Zaleceń w COVID-19, przygotowaną we współpracy z interdyscyplinarnym Zespołem Ekspertów Klinicznych, koordynowanym przez Komitet Sterujący, złożony z Prezydium Rady Przejrzystości Agencji Oceny Technologii Medycznych i Taryfikacji (do pobrania w Zalecenia w COVID-19 – link do zakładki).
Wobec zmieniającej się sytuacji pandemii i ciągłego napływu nowych doniesień naukowych Agencja przeprowadza proces aktualizacji Zaleceń diagnostyczno-terapeutycznych w COVID-19. Jako efekt prac publikuje się aktualizację zaleceń diagnostycznych w COVID-19 – opublikowany 7 kwietnia 2021 roku dokument zawierający zalecenia dla diagnostyki laboratoryjnej SARS-CoV-2 został uzupełniony o aktualizację zaleceń dla diagnostyki klinicznej i obrazowej.