W trakcie pandemii COVID-19, na podstawie zlecenia Ministra Zdrowia z dnia 27 marca 2020 r., Agencja we współpracy z Zespołem Ekspertów przygotowała pierwszą wersję Zaleceń w COVID-19. Wobec dynamicznie zmieniającej się sytuacji pandemii i ciągłego napływu nowych dowodów naukowych dla skuteczności klinicznej i bezpieczeństwa technologii medycznych stosowanych w COVID-19, Agencja przeprowadza ciągły proces aktualizacji Zaleceń.
W zakładce „Materiały analityczne” publikowane są przeglądy doniesień naukowych dla poszczególnych technologii lekowych w COVID-19 (glikokortykosteroidy systemowe, lopinawir stosowany w skojarzeniu z rytonawirem, remdesiwir, tocilizumab, fawipirawir oraz osocze ozdrowieńców, anakinra, interferon beta, amantadyna, hydroksychlorochina i chlorochina, leki przeciwzakrzepowe, kwasu acetylosalicylowego i klopidogrelu, bamlaniwimab ± etesewimab , iwermektyna, regdanwimab, REGN-COV2, sotrowimab, lenzilumab, baricytynib, wziewne glikokortykosteroidy, immunoglobuliny ludzkie, macierzyste komórki mezenchymalne, antybiotyki, sarilumab, tofacytynib, sulodeksyd, fluwoksamina, molnupirawir, nirmatrelwir+rytonawir). Opracowania analityczne stanowią podstawę dyskusji Panelu Ekspertów Klinicznych.