W trakcie pandemii COVID-19, na podstawie zlecenia Ministra Zdrowia z dnia 27 marca 2020 r., Agencja we współpracy z Zespołem Ekspertów przygotowała pierwszą wersję Zaleceń w COVID-19. W związku z postępem wiedzy i nowymi doświadczeniami, nabytymi w czasie pandemii, przeprowadzono aktualizację Zaleceń w obszarze diagnostyki laboratoryjnej (luty 2022 r.), diagnostyki klinicznej (maj 2021 r.) oraz diagnostyki obrazowej (maj 2021 r.).