"Skuteczność – tak
Opłacalność – oczywiście
Bezpieczeństwo –ponad wszystko"
Na mocy ustawy z dnia 25 czerwca 2009 roku o świadczeniach opieki zdrowotnej finansowanych ze środków publicznych oraz o cenach AOTM uzyskała status państwowej jednostki organizacyjnej posiadającej osobowość prawną. Zmianie uległa struktura organizacyjna AOTM. Na czele Agencji stoi Prezes i swoje zadania wykonuje przy pomocy Wiceprezesa. Na mocy rozporządzenia Ministra Zdrowia z dn. 18.sierpia 2009 w sprawie nadania statutu AOTM (DZ. U. nr 133 poz. 1102), Agencja składa się z 10 komórek organizacyjnych (patrz: Struktura).
AOTM otrzymała też nowe zadania:
Do 12 sierpnia 2009 roku Agencja działała na mocy zarządzenia Ministra Zdrowia z 2006 roku wraz z późniejszymi zmianami i zajmowała się głównie wydawaniem rekomendacji dla technologii medycznych zleconych przez Ministerstwo Zdrowia.
Agencja prowadzi także szkolenia i uczestniczy w międzynarodowych projektach. Oceny technologii medycznych uczymy się od najlepszych i najlepszym chcemy dorównać. Dlatego nasi pracownicy wyjeżdżają na zagraniczne staże i konferencje.
Agencja Oceny Technologii Medycznych jest członkiem następujących organizacji międzynarodowych:
Naszym partnerem jest też wiele innych placówek naukowo-badawczych w Polsce i na świecie (patrz Instytucje Współpracujące)